Zarząd Drogowy w Sępólnie Krajeńskim został utworzony na mocy Uchwały Nr V/29/99 Rady Powiatu Sępoleńskiego z dnia 23 lutego 1999 roku w sprawie utworzenia jednostki organizacyjnej powiatu pod nazwą Zarząd Drogowy w Sępólnie Krajeńskim.